Os três subfilos em Chordata são Vertebrata, Urochordata e Cephalochordata. Vertebrata é o maior grupo, incluindo animais familiares como peixes, pássaros, répteis, anfíbios e mamíferos. Urochordata contém cerca de 4.600 a 5.100 espécies no total, e Cephalochordata contém apenas 28.
Os três subfilos não aparecem intimamente relacionados na superfície. Os cefalocordados se assemelham a peixes minúsculos, semelhantes a vermes, mas os urocordados incluem espécies que superficialmente se assemelham a plantas, como a água do mar. Todos os cordados têm as mesmas características básicas, embora possam se tornar altamente modificados durante o crescimento e mudar durante o curso da evolução.
Os cordados têm notocordes como embriões, mesmo que não tenham quando adultos. Eles têm cordas nervosas correndo por suas costas. Caudas estão presentes quando eles são embriões, independentemente de a forma adulta manter ou não a cauda. Eles também têm fendas faríngeas, de acordo com o departamento de biologia do Clermont College. Nos peixes, essas fendas funcionam como guelras, mas nos animais terrestres, elas foram convertidas em partes do ouvido interno e da mandíbula. Os cordados mais primitivos usam as fendas para alimentação do filtro.
