O principal problema associado ao ecoturismo é o fato de que quanto mais pessoas visitam um ecossistema frágil, a probabilidade de danos a esse ecossistema aumenta. Além disso, o ecoturismo pode distorcer as economias locais, causar uma inflação local massiva e fazer com que os povos indígenas abandonem seus meios de subsistência tradicionais em favor de empregos na indústria de serviços.
O ecoturismo pode ser uma ferramenta valiosa na preservação de plantas e animais ameaçados. A atenção mundial trazida pelo ecoturismo pode aumentar a conscientização sobre as espécies que estão à beira do precipício, e os visitantes podem trazer fundos muito necessários para programas de conservação. No entanto, à medida que os dólares do turismo aumentam, também aumenta a ameaça ao meio ambiente.
O grande número de visitantes pode causar problemas com o esgotamento dos recursos e poluição. A necessidade de criar trilhas e instalações para os visitantes pode causar danos aos habitats e afastar os animais de suas casas. Guias não licenciados ou mal treinados podem levar os visitantes a áreas frágeis sem se preocupar com a vida selvagem, aumentando o risco de danos. Em alguns casos, as espécies no centro da atração do ecoturismo podem se tornar alvos de roubo e contrabando, fornecendo animais de estimação do mercado negro para estrangeiros ricos.
O ecoturismo também pode ter um efeito negativo nas economias locais. As empresas que prestam serviços turísticos podem oferecer empregos melhores do que as ocupações tradicionais na comunidade, privando as cidades e aldeias de serviços de que possam necessitar. Em áreas primitivas, isso pode distorcer a economia local a ponto de as comunidades não conseguirem sobreviver sem um influxo constante de dinheiro e recursos.
