Alguns exemplos de flagelados incluem tripanossomos e Giardia lamblia. O tripanossomo é um parasita que causa a doença do sono quando entra em contato com um ser humano. Giardia lamblia também é um parasita e causa desconforto no estômago e nos intestinos.
Giardia lamblia é normalmente encontrada em rios e riachos de montanha. Outros tipos de flagelados incluem dinoflagelados, comumente encontrados como plâncton em água doce e salgada, e euglena, que é um tipo de flagelado de vida livre. A variedade volvox de flagelado, por outro lado, é normalmente encontrada em aglomerados de colônias.
Para se qualificar como flagelado, o organismo deve ter um núcleo unicelular e possuir pelo menos um flagelo que é usado tanto para movimento quanto para sensação. A grande maioria dos flagelados possui uma cobertura externa firme ou um revestimento que se assemelha a geleia. A reprodução desses organismos envolve métodos sexuais e assexuados.
Os organismos nesta categoria podem ser divididos em dois grupos diferentes: fitomastigoforia e zoomastigoforia. Os primeiros são flagelados que se assemelham a plantas, enquanto os últimos se assemelham a animais. Os flagelados de fitomastigóforas são capazes de produzir alimentos por meio da fotossíntese. Os flagelados de Zoomastigophorea, por outro lado, são encontrados no trato digestivo de pequenos insetos e são capazes de absorver nutrientes da celulose.