A poluição da água por nutrientes causa um supercrescimento de algas e plantas microscópicas, enquanto os poluentes tóxicos na água podem colocar as plantas sob estresse ou até mesmo matá-las. Se a poluição tem um efeito positivo ou negativo na vida das plantas, isso perturba o equilíbrio do ecossistema, muitas vezes com efeitos devastadores.
A poluição por nutrientes geralmente ocorre devido a muitas atividades humanas, incluindo o escoamento de terras agrícolas. A chuva dissolve o fósforo e o nitrogênio dos fertilizantes aplicados às plantações e aos dejetos animais. O aumento de nutrientes leva a um potencial florescimento de algas que causa pontos mortos na água devido ao esgotamento do oxigênio.
A chuva ácida é outra forma de poluição da água que afeta a vida das plantas. A chuva ácida ocorre quando a água na atmosfera dissolve produtos químicos, incluindo dióxido de enxofre e dióxido de nitrogênio, formados por vulcões e motores de automóveis. À medida que a precipitação cai no solo, ela polui o abastecimento de água. Ele reduz o pH da água e, em última análise, do solo, inibindo o crescimento de algumas plantas e matando outras.
A fitotoxicidade ocorre quando as toxinas se acumulam no meio ambiente e o sistema radicular da planta as absorve. Os produtos químicos se acumulam nos sistemas de água e no meio ambiente com um efeito cumulativo. O mercúrio, que também afeta peixes e animais, tem efeito tóxico nas plantas. As sementes não crescem enquanto as plantas maduras começam a murchar e morrer devido à fitotoxicidade.