Os efeitos colaterais mais comuns do melaço são fezes moles e diarreia, conforme declarado pelo Ayur Times. Pessoas que tomam mais de 3 colheres de chá de melaço por dia também podem sentir inchaço abdominal, dor e cólicas.
Algumas pessoas sentem tonturas ou náuseas ao tomar melaço pela primeira vez, por isso é melhor tomá-lo com comida ou com o estômago cheio, de acordo com o Ayur Times. Pessoas alérgicas à cana-de-açúcar devem evitar o melaço. As mulheres grávidas ou amamentando devem consultar um médico antes de tomar melaço regularmente, assim como as pessoas com alto nível de açúcar no sangue.