Em indivíduos saudáveis, o único efeito colateral comum dos probióticos é um leve desconforto digestivo, como na forma de gases, de acordo com o National Center for Complementary and Integrative Health. No entanto, a partir de 2015, os cientistas ainda têm algumas incertezas sobre a segurança em longo prazo de tomar probióticos, e mais pesquisas são necessárias. Tomar probióticos pode causar infecções graves em pessoas que passaram por uma cirurgia recentemente, estão gravemente doentes ou têm sistema imunológico enfraquecido.
Nem todos os produtos probióticos contêm as mesmas cadeias de bactérias, o que significa que é possível que alguns produtos sejam mais seguros do que outros, observa o National Center for Complementary and Integrative Health. Por exemplo, os resultados de um estudo indicaram que um filamento específico de Lactobacillus parece ser seguro para indivíduos saudáveis com mais de 65 anos, mas o estudo não é evidência suficiente de que o uso de probióticos em geral é seguro em idosos.
Apesar das alegações de que os probióticos são úteis no gerenciamento de uma ampla gama de condições de saúde, há pouca ou nenhuma evidência científica disponível, alerta o National Center for Complementary and Integrative Health. Existem algumas evidências de que os suplementos probióticos previnem a diarreia em pessoas que estão tomando antibióticos ou têm certas infecções. Também há evidências de que os probióticos podem diminuir os sintomas da síndrome do intestino irritável. Mais pesquisas são necessárias para estabelecer quais probióticos específicos são mais eficazes em fornecer esses benefícios e quanto os pacientes devem tomar para alcançar esses benefícios.