Os decompositores em um ecossistema subaquático são organismos semelhantes a animais chamados protistas, fungos e bactérias. Chamados de saprotróficos, esses organismos decompõem matéria morta de plantas e animais de nível superior, facilitando a recuperação entrada de nutrientes no ecossistema na forma de nutrientes brutos e dióxido de carbono.
No ecossistema subaquático, as plantas e os animais deixam para trás nutrientes valiosos quando morrem. Esses nutrientes são uma importante fonte de energia para todo o ecossistema. Para que o ecossistema se mantenha saudável, a energia contida na matéria orgânica morta, chamada de detritos, deve ser reabsorvida. O processo de decomposição começa por necrófagos conhecidos como detrívoros, que se alimentam de matéria orgânica facilmente consumível. Protistas, fungos e bactérias completam o processo de decomposição quebrando materiais mais difíceis de digerir, como ossos.
Os decompositores eventualmente quebram tudo o que consomem em nutrientes básicos e dióxido de carbono. Os nutrientes brutos, como magnésio, nitrogênio e fósforo, são liberados de volta ao ecossistema em uma forma na qual os produtores, como as bactérias quimiossintéticas oceânicas, podem sobreviver. Essas bactérias, por sua vez, são importantes fontes de nutrição para organismos como amêijoas e mexilhões. Nutrientes liberados por decompositores saprofróticos também auxiliam no florescimento do plâncton, o que é importante para a sobrevivência de grandes mamíferos oceânicos, como as baleias.
