As desvantagens do modelo orientado a objetos incluem falta de familiaridade e falta de programadores experientes, consenso limitado sobre os padrões a serem usados, baixa eficiência ao lidar com dados simples e disponibilidade limitada de ferramentas e suporte adequados. A maioria das desvantagens do modelo orientado a objetos vem de sua novidade no mercado.
O modelo orientado a objetos é uma prática recente, a partir de 2015, quando comparado ao modelo de banco de dados relacional mais comum. Isso deu muito pouco tempo para amadurecer, levando a um número limitado de programadores e suporte experientes. O modelo orientado a objetos concentra-se no armazenamento de estruturas de dados complexas chamadas de objetos. Isso o torna menos eficiente quando usado em registros de dados simples com relacionamentos simples.
Outra desvantagem deste modelo é que ele é difícil de implementar puramente. Isso é verdade porque os modelos orientados a objetos usam tipos de dados complexos, ao contrário dos modelos relacionais, que envolvem estruturas simples, como tabelas e índices relacionados. Os bancos de dados relacionais são um produto da teoria matemática dos conjuntos, mas os modelos orientados a objetos sofrem por não terem uma base matemática forte.
A partir de 2015, os programadores estão se inclinando para modelos relacionais de objetos, que são híbridos dos dois. Esses ORMs estão aumentando em popularidade a partir de 2015, pois são apoiados por mecanismos de banco de dados testados e comprovados e também fornecem oportunidades para mapear objetos.