Uma desvantagem da química verde é que a troca de um produto ou processo antigo por um novo leva tempo. Um redesenho do novo processo ou produto costuma ser difícil e há falta de unidade sobre o que é considerado mais seguro.
Outra área de preocupação com a química verde ou sustentável é substituir os pesticidas ou produtos químicos tradicionais usados na agricultura por biopesticidas, que são pesticidas derivados de materiais naturais, como plantas e animais. Porém, o processo é lento, pois em grande escala os custos de produção são altos.
A química verde promove o design de produtos químicos e processos que reduzem a produção de substâncias perigosas.
