HPLC, cromatografia líquida de alto desempenho, tem muito poucas desvantagens, mas essas poucas são a baixa sensibilidade, a dificuldade de limpar e os dispositivos são muito caros. A função, o uso e a precisão de um dispositivo HPLC são muito semelhantes aos de um GC ou cromatografia gasosa.
As amostras usadas em uma máquina de cromatografia líquida de alto desempenho geralmente são maiores do que as de uma máquina de cromatografia a gás. Apesar das inúmeras desvantagens que apresenta, também existem inúmeras vantagens. Os dispositivos são mais precisos do que outros dispositivos e podem analisar uma gama mais ampla de compostos, embora o dispositivo de GC possa se sair melhor com misturas mais complexas do que os dispositivos de HPLC.
