A calcita ocorre como estalactites e estalagmites em cavernas e também é encontrada em depósitos minerais em fontes termais. Constitui as conchas de organismos marinhos, como bivalves e equinodermos.
A calcita é encontrada em rochas sedimentares, principalmente calcário, que é composta de conchas de organismos marinhos mortos.
Em cavernas de calcário, a água da chuva goteja sobre as rochas e coleta dióxido de carbono e outros minerais do calcário. Essa combinação cria bicarbonato de cálcio, que é essencialmente uma versão dissolvida da calcita, na água. A água pinga do teto e deixa calcita que se transforma em estalactite com o tempo. Uma estalagmite se forma quando a estalactite goteja água no chão da caverna e a água deposita calcita em uma pilha crescente ao longo do tempo.
A calcita está presente nas conchas de amêijoas, corais, caranguejos e outros organismos marinhos. Também está presente nas partes duras das algas vermelhas, alguns vermes tubulares e algumas esponjas. É encontrado em rochas vulcânicas ou rochas do manto, como kimberlito, carbonatitos e peridotitos.
A caverna do rio Snowy no Novo México contém um leito de calcita branca, que é atribuído a microorganismos e água subterrânea que dissolvem as paredes da caverna ao longo do tempo.
Os maiores cristais de calcita já registrados foram descobertos na Islândia e pesavam cerca de 250 toneladas.
