Os padres franciscanos fundaram a Missão San Juan Capistrano para expandir a influência espanhola na área e converter os povos indígenas ao cristianismo. Quando o México se tornou independente, o governador local vendeu a missão para uma família particular, mas depois que a Califórnia se tornou um estado, o presidente Abraham Lincoln devolveu a missão à Igreja Católica.
O padre Fermin Lasuen tentou fundar a missão pela primeira vez em 1775, mas depois de ouvir sobre um levante indígena em San Diego, os padres enterraram os sinos da missão e abandonaram o local. O padre Junipero Serra recuperou os sinos e fundou oficialmente a missão em 1º de novembro de 1776. Quando os índios locais, os Juaneno, ajudaram a construir a igreja e outros prédios, os padres fizeram ativamente proselitismo com eles. Os índios batizados eram obrigados a mudar de nome e costumes sociais, aprender a língua espanhola e a doutrina católica e seguir regras rígidas impostas pelos padres, incluindo não deixar a missão sem permissão. Em 1806, a missão estava florescendo e tinha mais de 1.000 habitantes. Após esse período de tempo, a missão começou a declinar.
Em 1812, um terremoto destruiu a igreja de pedra da missão. Em 1845, o governador mexicano vendeu a missão para seu cunhado, John Forster, e ela foi usada como fazenda. A Califórnia tornou-se um estado em 1850 e, em 1865, Lincoln assinou um documento cedendo a propriedade à Igreja Católica. Ao longo do século 20, sofreu uma extensa restauração. Um museu e uma igreja estão no local desde 2015, e muitos visitantes vêm para ver a migração anual das andorinhas Capistrano.
