Desvantagens do Projeto Genoma Humano, ou HGP, incluem o número de riscos envolvidos nos procedimentos e discriminação contra características específicas. Este projeto também apresenta problemas de moralidade para todos que recebem o tratamento.
Os futuros pais, em algum momento, podem ser capazes de escolher as características que seus filhos possuirão. Temperamento e personalidade, estatura e tipo de corpo podem ser determinados e até que a ciência tenha certeza dos efeitos colaterais, podem surgir problemas de saúde nas pessoas cujo DNA foi especificamente sequenciado. Outra desvantagem do HGP é a possibilidade de ser usado como um tipo de discriminação racial
