Os efeitos duradouros da conquista espanhola na América Latina incluíram a dizimação das populações nativas e a supressão de suas línguas, histórias e culturas. Aqueles que sobreviveram foram fortemente influenciados pela língua espanhola, religião, arte e arquitetura.
Um dos maiores efeitos duradouros da incursão espanhola na América Latina foi a perda devastadora de populações indígenas. Alguns dos principais culpados foram a varíola e outras doenças contra as quais os nativos não tinham defesa. Além disso, o sistema de encomienda de escravidão forçada de moradores matou muito mais nativos por meio de trabalhos forçados e privação.
Os líderes indígenas existentes foram mortos ou privados de poder, deixando as sociedades indígenas sem as estruturas sociais das quais dependiam. Os padres espanhóis baniram a religião e a cultura locais e queimaram histórias escritas, deixando um vácuo cultural. Como resultado, as sociedades indígenas cujos povos eram milhões antes da conquista espanhola foram marginalizadas ou obliteradas.
Na ausência de alternativas indígenas, a língua e a cultura espanholas tornaram-se dominantes na América Latina. O espanhol se tornou o idioma principal em muitos países da América Latina. Quando foi introduzido pela primeira vez, muitos sul-americanos nativos fundiram o catolicismo romano em suas práticas religiosas tradicionais. Com o tempo, a religião católica romana tornou-se a influência teológica predominante na América Latina. A arquitetura espanhola formou a base de muitas estruturas, e o planejamento da cidade foi baseado no layout de uma praça ou praça no meio de um município.