Algumas células, incluindo euglenas e várias espécies bacterianas, usam projeções semelhantes a cauda, chamadas flagelos, para se moverem pela superfície. Outras células, incluindo paramécios, usam várias projeções semelhantes a fios de cabelo chamadas cílios para locomoção.
As células podem ter um ou vários flagelos. Às vezes, todos os flagelos estão localizados em um lado do organismo, e outras vezes eles estão divididos entre dois ou mais lados. A maioria das espécies com flagelos usa um flagelo para se arrastar, ao invés de empurrar através de uma superfície. Eles tendem a se mover em um padrão semelhante a um saca-rolhas. Os flagelos são ancorados às células por estruturas conhecidas como axonemas. Como o flagelo é uma parte viva da célula, ele precisa de nutrientes para sobreviver. Esses materiais são passados através do axonema e para o citosoplasma dentro do flagelo.
Cílios são pequenas projeções que geralmente cobrem toda a superfície de uma célula. Uma única célula pode ter milhares de cílios. Eles se movem em um movimento de remo coordenado para frente e para trás para impulsionar a célula através de uma superfície. Como os flagelos, os cílios são compostos principalmente de proteínas. Algumas espécies também usam seus cílios para outros fins que não a locomoção. Por exemplo, os cílios podem mover-se de maneira a empurrar o alimento para uma ranhura oral ou a impelir partículas ofensivas para longe da superfície da célula.