As enzimas que quebram as proteínas incluem tripsina, quimotripsina, pepsina, termolisina, glutamil endopeptidase, elastase, bromelaína e papaína. A tripsina, pepsina, elastase, termolisina, glutamil, endopeptidase e quimiotripsina são produzidas no corpo humano. A bromelaína vem do abacaxi e a papaína vem do mamão. Essas enzimas são chamadas de proteases.
As enzimas que são feitas no corpo geralmente quebram as ligações de longas cadeias de peptídeos e as convertem em cadeias menores. Grandes cadeias de peptídeos são muito grandes para serem absorvidas pelo intestino delgado, onde ocorre grande parte da digestão.
Cada protease corta as ligações em um determinado ponto da cadeia peptídica e cada uma funciona melhor em um determinado pH. Por exemplo, a quimotripsina funciona melhor em pH 8, que é ligeiramente alcalino. A pepsina funciona melhor com pH 2, que é extremamente ácido. Isso ocorre porque a pepsina é liberada pelas células do estômago, onde o alimento é processado em um banho de enzimas e ácido clorídrico. No entanto, a tripsina e a quimiotripsina são produzidas no pâncreas e secretadas no intestino delgado.
A bromelaína é encontrada na fruta e no caule do abacaxi. A bromeliana e a papaína são usadas como amaciantes de carne e como suplementos para tratar condições médicas, como lesões esportivas e feridas.