Muitas das aves, répteis, anfíbios e mamíferos da floresta tropical estão em perigo. Isso inclui animais familiares, como os chimpanzés da África Central, e animais relativamente desconhecidos, como o sapo-elefante da Austrália. As florestas tropicais são o lar de mais espécies do que qualquer outro habitat terrestre.
As aves da floresta tropical ameaçadas de extinção incluem o jacinto e as araras-lear da América do Sul e a cacatua de crista amarela da Indonésia. A destruição do habitat é um problema sério para muitas dessas aves, mas algumas delas, especialmente a arara-azul, também experimentaram declínios populacionais devido à coleta para o comércio de animais de estimação.
As populações de anfíbios em todo o mundo vêm diminuindo há vários anos. Tanto o sapo venenoso dourado quanto a mantilha dourada são anfíbios ameaçados de extinção no solo da floresta tropical. As causas do declínio dos anfíbios não são claras em todos os casos e podem resultar da combinação de destruição de habitat, fungos, mudança climática e coleta.
Mamíferos como o rinoceronte de Javan e o tigre de Sumatra estão em risco de extinção. Ambos são caçados por suas supostas propriedades medicinais, mas também enfrentam habitats cada vez mais fragmentados. A preguiça-de-três dedos-guará e a preguiça-de-três-dedos-pigmeu são dois outros animais que estão desaparecendo de seus habitats na floresta tropical.
