Thomas Hunt Morgan usou moscas de fruta para estudar genética por vários motivos. Primeiro, as moscas da fruta têm um ciclo de vida curto que dura em média apenas 30 dias. Isso significa que as características genéticas podem ser estudadas por dezenas de gerações no decorrer de um ano. Este ciclo reprodutivo rápido é impossível de igualar em qualquer modelo de mamífero, mesmo camundongos ou ratos. Em segundo lugar, as moscas da fruta produzem um grande número de descendentes.
Uma mosca da fruta fêmea pode colocar até 500 ovos em um único lote. Como as moscas da fruta podem botar vários lotes de ovos durante a vida, isso equivale a 2.000 ou mais filhotes, muito mais do que qualquer mamífero fêmea poderia produzir. Uma terceira consideração é o custo. As colônias de mosca-das-frutas são extremamente baratas de manter. No mínimo, eles precisam de uma fonte de alimento, como frutas maduras demais, e um termostato ajustável. Curiosamente, as moscas-das-frutas vivem mais em temperaturas frias, mas se reproduzem com mais frequência em temperaturas acima de 86 graus Fahrenheit.
Vantagens adicionais do uso de moscas-das-frutas tornaram-se evidentes com o passar do tempo. As moscas-das-frutas contêm quatro pares de cromossomos gigantes, conhecidos como cromossomos politênicos, em suas glândulas salivares. Esses cromossomos são grandes o suficiente para serem vistos em um microscópio de luz, o tipo comumente usado na época. Essa observação forneceu evidências sólidas de que os genes, as unidades físicas da hereditariedade, estão localizados nos cromossomos.
Morgan e seus alunos também descobriram que muitos genes que codificam características como cor dos olhos, formato das asas e comprimento das cerdas foram herdados juntos na maioria dos descendentes de mosca-das-frutas. Ocasionalmente, esses grupos de ligação, como Morgan os chamou, foram interrompidos à medida que os cromossomos da mosca se misturaram e combinaram partes durante a meiose. Os cientistas se referem a esses eventos de cruzamento cromossômico como recombinação. Este processo é a principal fonte de variação genética em todas as espécies que se reproduzem sexualmente.