O azul de metileno é usado para colorir células animais para tornar os núcleos mais visíveis ao microscópio. O azul de metileno é comumente usado para a coloração de células da bochecha humana, explica um site do Carlton College.
A coloração de células é útil porque melhora a visualização de componentes específicos dentro de uma célula. A coloração de células também pode ser usada para destacar processos, como os estágios da divisão celular. O azul de metileno é usado especificamente na coloração de células animais e esfregaço de sangue. Este meio de coloração funciona tingindo os núcleos das células e tornando a estrutura particular mais visível ao microscópio óptico. Qualquer tecido que possa absorver manchas e tinturas é denominado cromático. Sem manchas, como o azul de metileno, as células parecem quase transparentes ao microscópio. O tipo de coloração usado determina as técnicas e preparações das lâminas que devem ser realizadas; exemplos incluem fixação por calor, adição de um fixador químico, tratamento com um surfactante suave, montagem e imersão em uma solução de corante. Verde malaquita, usado para tingir esporos, e iodo, um indicador de amido, são outros corantes populares usados na coloração de células. As lâminas coradas podem ser preservadas armazenando-as em um refrigerador ou em um ambiente escuro para observação posterior em um microscópio de luz. As manchas também podem ser usadas em microscopia eletrônica de transmissão.