Não é recomendado destilar uma solução até a secura porque o resíduo deixado no frasco de destilação pode causar uma ignição ou uma explosão. Uma conseqüência semelhante pode ocorrer se as juntas do aparelho não estiverem firmemente presas .
As precauções de segurança são importantes ao realizar destilações simples e fracionadas, pois os indivíduos que realizam o experimento e aqueles nas áreas circundantes podem ser prejudicados. Para começar, os experimentos de destilação devem ser realizados em áreas espaçosas e bem ventiladas. Onde há fluxo de ar livre, há menos espaço para o acúmulo de vapores prejudiciais.
Equipamentos de combate a incêndio, como extintores, devem estar ao alcance durante a realização de experimentos de destilação. Esta é uma precaução importante, especialmente ao trabalhar com líquidos inflamáveis como o etanol. Colete o destilado com segurança e não fume para minimizar o risco de incêndio.
Durante a realização de um experimento de destilação, é aconselhável que a temperatura seja monitorada constantemente, para que os líquidos não fervam de forma descontrolada. Onde a fonte de calor for elétrica, recomenda-se a instalação de um disjuntor na linha elétrica. Além disso, sistemas fechados nunca devem ser aquecidos porque o vidro pode explodir devido ao aumento da pressão.