Devido à sua associação com os membros do Katipunan, José Rizal foi apontado como um de seus fundadores e foi julgado por sedição, rebelião e conspiração perante um tribunal militar. Rizal já estava no Mediterrâneo quando foi preso no caminho e levado de volta a Manila para julgamento. Ele foi condenado como culpado de todas as três acusações. Ele foi condenado à morte e exilado em Dapitan em 1893.
Rizal foi detido pelas autoridades espanholas por diversos motivos, incluindo a fundação de uma sociedade, publicação de livros e jornais que divulgavam ideias rebeldes e sediciosas ao público, portador de um maço de folhetos que violavam as ordens espanholas, criticando a religião difundida pelos Espanhóis e propagação da obstrução nas Filipinas.
Embora Rizal tenha sido enviado para o Dapitan como prisioneiro, os anos de permanência na província foram um dos períodos mais frutíferos de sua carreira como médico, agricultor, empresário, engenheiro, professor, cientista e linguista. Ele usou seus dias restantes em Dapitan para melhorar suas habilidades literárias e artísticas. Foi também em Dapitan que Rizal conheceu e se casou com Josephine Bracken, filha de um engenheiro aposentado de Hong Kong. Os dois tiveram um filho, que morreu logo após o nascimento.
