John Hagee escreveu em uma carta de 1975 para sua congregação que ele era culpado de imoralidade, após o que ele se divorciou de sua esposa, Martha Downing. A imoralidade exata é desconhecida. Ele se casou com Diana Castro, um membro de sua congregação, em 12 de abril de 1976. O novo casamento imediatamente após seu divórcio levou a alegações de que ele teve um caso durante seu casamento.
Hagee se casou com Downing em 1960, e o casal teve dois filhos. Hagee era pastor da Trinity Church em San Antonio, mas as críticas de seu divórcio o levaram a renunciar.
Hagee tem três filhos com Castro, chamados Matthew, Christina e Sandy. Hagee e seus filhos com Castro também são músicos, que tocaram juntos como The Hagees.
Em 11 de maio de 1975, Hagee começou uma nova igreja, chamada The Church at Castle Hills. Embora tivesse apenas 25 membros para começar, ele cresceu rapidamente de tamanho, levando a duas expansões. O primeiro era um santuário com 1.600 lugares e o segundo era um santuário com 5.000 lugares. Hagee nomeou o segundo santuário como Igreja de Pedra Angular. Seu filho, Matthew, mais tarde assumiu como pastor executivo da igreja.
Hagee escreveu livros e várias estações religiosas de televisão transmitiram seus sermões. Ele também fundou organizações religiosas.