O corte de árvores afeta gravemente os habitats da flora e da fauna que vivem na floresta, o que pode levar à extinção de espécies vulneráveis. Além de causar erosão do solo, o desmatamento também resulta em maiores quantidades de gases de efeito estufa atingindo a atmosfera porque as árvores não podem absorver dióxido de carbono depois de serem cortadas.
Cerca de 70 por cento da flora e da fauna do mundo vivem nas florestas. À medida que as árvores são cortadas, as populações de plantas e animais diminuem, o que põe em risco o sustento da população humana que depende das florestas para obter alimentos, medicamentos e outros produtos. Em certas partes do Sudeste Asiático, o desmatamento levou à migração e conflitos sociais.
As árvores normalmente mitigam os efeitos da poluição do ar causada pela emissão de dióxido de carbono e outros gases de efeito estufa. Conforme as árvores são cortadas, a queima de combustíveis fósseis necessária para operar máquinas de corte de madeira e grandes veículos de transporte agrava ainda mais a poluição.
O solo perde sua coesão e torna-se suscetível a secar se não houver raízes de árvores para ancorá-lo. Uma vez que isso aconteça, o solo não poderá mais cultivar alimentos. Com a erosão do solo, fontes de água, como lagos e rios, ficam poluídas por lodo, o que diminui a qualidade da água e leva a problemas de saúde e falta de água potável. O corte de árvores também interrompe o ciclo da água, porque as raízes das árvores normalmente retêm a água e a liberam na atmosfera. O equilíbrio do ciclo da água, fluxo do rio e precipitação se degrada sem árvores.