Nem todas as espécies de focas estão ameaçadas de extinção, mas para as muitas espécies que estão em perigo, existem várias causas diferentes, incluindo caça, alterações climáticas e desastres naturais. As populações de muitas espécies de focas têm diminuído constantemente nas últimas centenas de anos devido ao fato de os humanos matarem milhões delas por causa de sua pele, carne e gordura.
A mudança no ambiente e o declínio do gelo marinho do Ártico devido às mudanças climáticas também começaram a causar estragos em muitas espécies de focas, incluindo focas pintadas, barbadas, aneladas e de fita. Conhecidos coletivamente como focas de gelo, o declínio do gelo marinho levou a altas taxas de mortalidade de filhotes de focas, colocando muitas dessas espécies em perigo de extinção.
Derramamentos de óleo, poluição e outros fatores humanos também têm desempenhado um papel importante na ameaça de muitas espécies de focas. Novos vírus também dizimaram a população de algumas espécies, como a foca-monge do Mediterrâneo, que perdeu mais de dois terços de sua população total em 1997 devido a um vírus. Algumas espécies de focas também sofrem de baixa diversificação genética, o que torna muito mais difícil para elas se adaptarem às mudanças em seu ambiente.
As focas-monge do Mediterrâneo são uma das quatro espécies de focas mais ameaçadas do mundo, junto com as focas-monge do Havaí, as focas-marinhas Saimaa e as focas-marinhas Lacs de Loups Marins, também conhecidas como focas-Ungava.
