A caça à baleia é ruim porque faz com que as populações fiquem em perigo. A caça às baleias também é cruel, pois as técnicas de caça às baleias fazem com que elas sofram por um período significativo de tempo antes de morrer. Além disso, as baleias têm cérebros grandes e são altamente inteligentes, tornando a observação de baleias uma indústria mais lucrativa do que a caça de baleias.
As baleias cinzentas do Atlântico foram extintas devido à caça às baleias no final do século XIX. Outras populações de baleias, listadas como criticamente ameaçadas de extinção em 2014, incluem as baleias azuis da Antártica e as baleias cinzentas no noroeste do Pacífico. Baleias-comuns, baleias-francas e baleias-sei também são consideradas ameaçadas de extinção. Cachalotes são listados como vulneráveis, e outras espécies de baleias dependem de esforços de conservação para sua sobrevivência.
A caça à baleia esgota rapidamente as populações e pode fazer com que várias espécies de baleias sejam totalmente extintas. Os baleeiros usam arpões explosivos, que muitas vezes ferem em vez de matar as baleias, fazendo com que sofram por vários minutos a horas antes da morte. Como as baleias são tão inteligentes, os críticos da caça às baleias afirmam que elas devem ser protegidas e não caçadas.
Como a carne de baleia carrega altos níveis de toxinas, como mercúrio, PCBs e dioxinas, os especialistas questionam se ela é saudável para comer. A eficácia econômica da caça às baleias também é questionável, já que a observação de baleias é uma indústria turística de bilhões de dólares. No geral, a caça à baleia é muito menos lucrativa e esgota a quantidade de baleias disponíveis para observação.