De acordo com a Nature Education, as enzimas de restrição são usadas para cortar o DNA em pedaços menores que podem ser separados por tamanho por meio de eletroforese em gel. As enzimas de restrição típicas cortam o DNA em locais de reconhecimento de quatro ou seis pares de bases, resultando em pedaços muito pequenos de DNA.
De acordo com uma página da Web de biotecnologia do estado do Colorado, as enzimas de restrição são derivadas de enzimas bacterianas que são uma forma rudimentar do sistema imunológico para bactérias. Essas enzimas evoluíram para cortar e destruir qualquer DNA estranho na bactéria, e é por isso que cortam o DNA em pequenos pedaços. As enzimas de restrição e a eletroforese em gel também são usadas para a tecnologia de recombinação de DNA, que permite que genes modificados sejam trocados dentro e fora do DNA para fins de clonagem.