A diarreia aquosa crônica costuma ser causada por vírus, bactérias ou parasitas de água ou alimentos contaminados e medicamentos, como antibióticos que perturbam o equilíbrio das bactérias no intestino, explica a Mayo Clinic. Pessoas que sofrem de lactose intolerante e exposto a produtos lácteos pode sofrer diarreia crônica.
A diarreia aquosa crônica também é causada por alergias a certos alimentos, doenças do intestino, laxantes ou abuso de álcool e diabetes, de acordo com o WebMD. Pessoas com tireoide hiperativa podem ter diarreia crônica, além de pacientes submetidos a radioterapia, cirurgia no sistema digestivo e aqueles que sofrem de câncer. Exercícios vigorosos, como correr, podem causar diarreia aquosa crônica.