J.J. O modelo atômico atômico de Thomson era chamado de Modelo Atômico do Pudim de Ameixa e era baseado na ideia de que os elétrons são partículas carregadas negativamente espalhadas pelo átomo carregado positivamente. Embora Thomson estivesse certo sobre a existência dos elétrons, ele estava errado sobre onde eles estão localizados dentro do átomo.
Thomson comparou a maneira como os elétrons são espalhados por todo o átomo com as passas de um pudim de ameixa. Essa teoria sugeria que as cargas negativas e positivas no átomo existiam na mesma esfera de existência, mas foi somente em 1911 que a localização do núcleo que abrigava essas cargas foi descoberta. O homem que descobriu o núcleo, Ernest Rutherford, foi aluno de Thomson em uma época e estava realmente testando a teoria de Thomson quando fez sua própria descoberta: em vez de estarem espalhados por todo o átomo, os elétrons orbitam um núcleo carregado positivamente. Depois que Rutherford descobriu que as partículas em folha eram capazes de desviar as partículas de H2 + em 1911, o modelo do pudim de ameixa foi reservado para o modelo de Rutherford. Thomson também abandonou seu próprio modelo para apoiar o modelo de Rutherford.
Ao longo da carreira de Thomson, ele ocupou vários cargos de destaque devido às suas descobertas. Ele recebeu o título de cavaleiro em 1908 pela família real britânica, além do Prêmio Nobel em 1906. Embora a teoria do pudim de ameixa de Thomson tenha sido refutada, muitos dos elementos de suas descobertas, como elétrons, foram fundamentais para encontrar e construir o modelo que é usado atualmente.