A organela que modifica e embala as proteínas é o aparelho de Golgi. Esta organela compreende vários sacos achatados chamados cisternas. O aparelho de Golgi, também chamado de corpo de Golgi ou complexo de Golgi, tem dois lados ou faces, a face cis e a face trans, conforme descrito em "A célula: uma abordagem molecular".
O aparelho de Golgi recupera proteínas transportadas em vesículas feitas no retículo endoplasmático. A organela então modifica essas proteínas cortando algumas seções ou adicionando as moléculas necessárias. Uma vesícula então se forma em torno da proteína, se desprende do aparelho de Golgi e viaja para onde a proteína é necessária. A face cis do aparelho de Golgi fica próxima ao retículo endoplasmático para receber seus produtos. A face trans da organela é posicionada perto da membrana plasmática, pronta para transportar a proteína finalizada para fora da célula.
