Um fenótipo intermediário descreve um organismo que exibe uma mistura das características fenotípicas expressas por seus pais. Se uma flor vermelha fizer a polinização cruzada de uma flor branca e a descendência resultante for rosa, a descendência descrita como um fenótipo intermediário. Os fenótipos intermediários ocorrem quando as características sob escrutínio não são dominantes ou recessivas.
Os fenótipos intermediários são bastante comuns em todo o mundo vivo. A maioria das pessoas expressa um fenótipo intermediário de seus pais de várias maneiras. No entanto, organismos que possuem fenótipos intermediários também podem exibir características dominantes ou recessivas. Por exemplo, duas crianças humanas podem exibir simultaneamente traços dominantes ou recessivos e aqueles de um fenótipo intermediário. A cor dos olhos das crianças é em grande parte o resultado de genes dominantes e recessivos. Em contraste, a altura, o peso, a cor do cabelo, a inteligência e muitas outras características das crianças são geralmente exemplos de fenótipos intermediários.
Um organismo carrega as instruções genéticas para sua construção no DNA de suas células. Este código genético é denominado genótipo do organismo. Este código instrui as células do organismo a construir uma coleção de proteínas. Além disso, o código genético informa ao corpo do organismo como organizar as proteínas. A estrutura física que resulta do genótipo do organismo é chamada de fenótipo.