O isolamento geográfico refere-se a duas populações da mesma espécie sendo separadas devido a algum tipo de barreira física. Essa separação da população ocorre quando um corpo de água ou terra se forma e divide um habitat. O isolamento geográfico de uma espécie também pode ocorrer quando os animais migram para uma ilha isolada.
Um exemplo de uma população separada para o isolamento geográfico são os tentilhões americanos que migraram para as ilhas havaianas. Dessa população original de tentilhões, 23 novas espécies de trepadeiras são evidências de especiação devido ao isolamento geográfico.
No entanto, o isolamento geográfico também pode levar à redução do fluxo gênico, visto que essas populações separadas de animais ou organismos não podem acasalar e trocar material genético. Os cientistas acreditam que o isolamento geográfico e reprodutivo são as causas da formação de novas espécies.