Existem muitos tipos diferentes de peixes predadores que comem um peixe-palhaço, incluindo tubarões, enguias e a maioria dos peixes predadores que são maiores que o peixe-palhaço. No entanto, os humanos são normalmente considerados os maiores predadores do peixe-palhaço, já que os humanos freqüentemente pescam o peixe-palhaço para aquários e tanques de peixes devido à sua popularidade.
Embora muitas espécies de peixes comam um peixe-palhaço se tiverem uma chance, os peixes-palhaço se protegem por meio de uma relação simbiótica com as anêmonas do mar. Os tentáculos da maioria das anêmonas do mar picam a maioria dos peixes se eles se aproximarem demais, mas os peixes-palhaço desenvolveram uma resistência a essas picadas que lhes permite viver dentro e ao redor dos tentáculos sem causar danos. O peixe-palhaço se esconde dentro dos tentáculos das anêmonas como forma de protegê-los de predadores, mas também comem as sobras dos peixes que a anêmona mata e come.
Essa relação não é benéfica apenas para os peixes-palhaço, pois eles, por sua vez, ajudam as anêmonas, mantendo-as limpas. Eles fazem isso comendo as sobras das anêmonas e pequenas pragas que tentam viver dentro da anêmona. Os peixes-palhaço também são muito agressivos e costumam espantar outros tipos de peixes que tentam comer os tentáculos da anêmona.
