Insetos como pulgões, mosquitos e a mariposa-da-china adoram comer nenúfares. A mariposa-da-china é uma das principais pragas do lírio-d'água. Outros consumidores de nenúfares incluem tartarugas, algumas espécies de caramujos e caracóis de lagoa e maçã.
Além de animais e insetos, os nenúfares também são suscetíveis à podridão da coroa, uma doença muito contagiosa. Em comparação com as plantas terrestres, como rosas e vegetais, os nenúfares são muito mais resistentes e fáceis de cultivar. A maioria dos problemas enfrentados pelos lírios são superficiais, causam poucos danos permanentes e podem ser facilmente controlados ou evitados. Agentes biológicos ecológicos, como terra de diatomáceas, funcionam muito bem na prevenção da maioria desses problemas.
