Andrew Weil, MD, recomenda começar o tratamento com probióticos ao mesmo tempo em que a prescrição de antibióticos começa. Os probióticos podem ser tomados com alimentos no café da manhã e no jantar, e não devem ser interrompidos até alguns dias após o término da rodada de antibióticos. Weil aconselha o uso de marcas que contêm bilhões de unidades formadoras de colônias, bem como as cepas Bacillus coagulans (BC-30) ou Lactobacillus GG.
NowFoods enfatiza a importância de proteger a integridade das culturas de bactérias vivas, seguindo as instruções de armazenamento recomendadas pelo fabricante. Os probióticos líquidos devem ser armazenados na geladeira para mantê-los frescos, e é recomendado que as cápsulas e os comprimidos sejam tratados da mesma forma. Se isso não for possível, as cápsulas e os comprimidos devem ser armazenados em local fresco e seco, longe do calor e da umidade. Os probióticos são frequentemente vendidos com pacotes de frescor para controlar sua exposição aos efeitos ambientais prejudiciais. A potência desses suplementos diminui lentamente a uma taxa de aproximadamente 5 por cento a cada mês ao longo de vários meses, até que finalmente se tornam inúteis. Armazenar probióticos na geladeira ajuda a diminuir essa taxa de declínio e prolonga sua eficácia. Por esse motivo, Weil aconselha as pessoas a permanecerem cientes da data de validade dos probióticos e a substituí-los se essa data expirar.