Os antibióticos curam uma infecção dentária alvejando e eliminando a bactéria específica que causou a infecção. Muitas vezes, eles são usados em conjunto com um tratamento físico, como um tratamento de canal radicular ou drenagem de pus, para pare a infecção e restaure a saúde do dente.
A clindamicina e os antibióticos à base de penicilina são mais comumente usados para tratar infecções orais, incluindo amoxicilina. A penicilina e a amoxicilina são antibióticos beta-lactâmicos e matam certos tipos de bactérias atacando as paredes celulares das bactérias e não permitindo que sintetizem os componentes para formar novas paredes celulares. Sem suas paredes celulares, essas espécies de bactérias morrem rapidamente. A clindamicina interfere com a capacidade de certas espécies de bactérias de produzir novas proteínas e isso as impede de crescer. O sistema imunológico humano, então, mata rapidamente as bactérias restantes.
Os antibióticos junto com outro tratamento, como um tratamento de canal, são muito eficazes para limpar a infecção da gengiva e da mandíbula. Se os antibióticos não forem tomados corretamente, entretanto, a infecção pode retornar. Se os antibióticos forem ineficazes, existe o risco de a bactéria que causa a infecção do dente se tornar resistente a essa classe de antibiótico no futuro. Se a bactéria se tornar resistente a antibióticos, a seguinte infecção será muito mais difícil de tratar.