O desmatamento reduz a reciclagem da água da terra para a atmosfera e vice-versa em até 75 por cento. A hidrosfera consiste em todas as várias formas de água da Terra, e o desmatamento altera radicalmente a água da Terra conteúdo, reduzindo a evaporação e a umidade do solo.
O desmatamento influencia a hidrosfera, aumentando as inundações. Quando a madeira desaparece de uma área de floresta, as inundações aumentam devido ao número reduzido de obstáculos à água. Isso tem implicações na qualidade da água e na estabilidade do solo. As inundações alteram o curso dos rios e outros corpos d'água. O impacto das mudanças na hidrosfera nos padrões climáticos também continua em estudo.
Na floresta amazônica, 75 por cento da água que cai como chuva transpira de volta para a atmosfera ou evapora, caindo mais uma vez na forma de chuva. Na floresta tropical, um acre envia cerca de 76.000 litros de água de volta para a atmosfera para criar nuvens, que se precipitam e formam chuva novamente. É essa reciclagem que dá à floresta tropical suas características de águas altas. O desmatamento na floresta tropical interrompe este ciclo consideravelmente. Os solos secam, menos água retorna à atmosfera e a chuva cai de forma menos significativa.