Newton morreu durante o sono em Londres, Inglaterra, em 31 de março de 1727, aos 85 anos. No dia anterior, após sofrer fortes dores no abdômen, Newton desmaiou e nunca mais recuperou consciência.
No final de sua vida, problemas de digestão forçaram Newton a mudar drasticamente sua dieta e mobilidade. Fundador da física moderna, Newton nunca se casou e teve poucos amigos, deixando muitos preocupados com sua estabilidade mental e emocional.Isaac Newton foi enterrado na Abadia de Westminster. Após sua morte, seu cabelo testou positivo para mercúrio, provavelmente devido a suas buscas alquimistas. Acredita-se que o envenenamento por mercúrio seja uma causa potencial para sua excentricidade mais tarde na vida.