Júpiter tem uma atmosfera densa e seca; ventos de alta velocidade, turbulência e tempestades de longa duração são comuns. O clima em Júpiter é muito diferente daquele encontrado em um planeta rochoso como a Terra.
Os ventos na atmosfera superior de Júpiter foram cronometrados viajando a mais de 220 milhas por hora. Os cientistas não sabem exatamente como é Júpiter abaixo das nuvens. No entanto, a maioria pensa que a atmosfera tem cerca de 30 milhas de espessura e contém duas camadas de nuvens. A camada inferior de nuvens é espessa e opaca, enquanto a camada superior é fina e transparente. Não se sabe o que está sob as nuvens mais espessas, mas a maioria dos cientistas duvida que Júpiter tenha uma superfície verdadeira que forma a fronteira entre o planeta e sua atmosfera. É possível que a "superfície" seja uma lama e uma bola congelada de gases.
Júpiter tem uma famosa mancha vermelha que persiste há pelo menos várias centenas de anos. A mancha vermelha é registrada em praticamente todos os registros históricos de astrônomos que estudaram o planeta. Os cientistas suspeitam que a mancha vermelha gigante seja na verdade um furacão ou tornado em Júpiter. No entanto, esta tempestade é muito maior do que qualquer tempestade na Terra. A mancha vermelha encolhe e cresce com o tempo, mas, em sua maior extensão, chega a quase 40.000 quilômetros de diâmetro.
