As bactérias obtêm energia ingerindo outros organismos e compostos orgânicos ou produzindo seus próprios alimentos. As bactérias que produzem seus próprios alimentos são chamadas de autótrofas. As bactérias que devem consumir outras moléculas orgânicas para obter energia são chamadas de heterotróficas.
Existem dois tipos gerais de heterótrofos. Alguns heterótrofos suprem todas as suas necessidades energéticas dissolvendo e absorvendo ou ingerindo outros organismos e são chamados de heterótrofos quimiotróficos. Por outro lado, algumas bactérias produzem parte de sua própria energia aproveitando a luz solar, mas compensam suas necessidades de energia absorvendo moléculas orgânicas.
Autotróficos também ocorrem em dois tipos principais. Existem autótrofos quimotróficos, que absorvem moléculas inorgânicas, como os sulfetos, e as convertem em energia, assim como autótrofos fototróficos que produzem sua própria energia absorvendo a luz solar. Como um todo, as bactérias obtêm sua energia de várias maneiras, permitindo que algum tipo de bactéria viva em quase todos os lugares.
Além desses quatro grupos de bactérias que obtêm energia de maneiras diferentes, as bactérias também respiram de maneiras diferentes. Muitos organismos são aeróbios e dependem de oxigênio, assim como os animais. Outras bactérias são anaeróbicas, o que significa que vivem em um ambiente sem oxigênio. Outras bactérias ainda podem viver em ambientes ricos ou pobres em oxigênio. Essas bactérias flexíveis são chamadas de anaeróbios facultativos.
