Embora a poluição da água tenha muitos impactos no meio ambiente, seus efeitos são mais facilmente visíveis nos lagos e riachos, onde a poluição mata peixes e outras formas de vida aquática. De acordo com o TEACH Great Lakes, biólogos declararam o Lago Erie um lago morto na década de 1960, mas estava cheio de vida. O problema é que era o tipo de vida errado, o que causou uma perturbação no lago devido à poluição.
Os metais pesados tóxicos são um tipo de poluição que afeta lagos e rios. Freqüentemente, os metais pesados vêm de processos industriais, como as siderúrgicas que outrora cercavam muitos dos Grandes Lagos. Esses materiais são tóxicos para peixes e crustáceos, mas têm o potencial de afetar o resto da cadeia alimentar, incluindo os animais que vivem na terra e na água.
Bactérias e outros poluentes do esgoto afetam a saúde dos organismos que vivem na água, bem como daqueles que a bebem. Água potável é um problema para muitos animais.
Sem poluição, grandes lagos naturais contêm poucos nutrientes para as plantas e suas temperaturas permanecem frescas durante todo o ano. Eles dissolvem lentamente os minerais do solo e a matéria vegetal em decomposição necessária para sustentar a vida vegetal adequada para a cadeia alimentar. A poluição aumenta os nutrientes das plantas na água, enquanto os resíduos industriais aumentam sua temperatura. Conforme o tipo errado de crescimento da planta aumenta, o suprimento de oxigênio diminui. Embora melhore as condições para algumas espécies, a poluição afeta o equilíbrio natural e a beleza dos corpos d'água, bem como do meio ambiente.
