A chuva ácida afeta os animais alterando o pH de seus ambientes. O aumento da acidez causa alterações anatômicas, reduz a população de alguns organismos e pode afetar a reprodução em algumas espécies.
A National Geographic define chuva ácida como qualquer tipo de precipitação contendo altos níveis de ácidos sulfúrico e nítrico. Quando a chuva ácida atinge a Terra, os ácidos afundam no solo e entram nos sistemas hídricos, como rios, lagos e riachos. Em ecossistemas aquáticos, a chuva ácida prejudica os animais, aumentando a acidez da água. Isso aumenta a quantidade de alumínio absorvido do solo ao redor, tornando a água tóxica para os animais aquáticos. Em áreas onde o pH da água cai abaixo de cinco, há menos lagostins e insetos. O aumento da acidez também afeta a taxa de crescimento e a capacidade de reprodução dos peixes.
A chuva ácida também afeta os animais que vivem na floresta. A chuva promove mudanças no pH do solo, tornando mais difícil para as árvores absorverem água. Os efeitos da chuva ácida também tornam mais difícil para as árvores e outras plantas resistir a doenças, danos causados por insetos e mudanças de temperatura. Quando as árvores e plantas danificadas morrem, não há tanta comida disponível para os animais que vivem no ecossistema da floresta.