Nanquim, vermelho Congo e eosina podem ser usados como corantes alternativos no lugar da Nigrosina para coloração negativa. A tinta nanquim funciona bem, mas suas partículas minúsculas causam o movimento browniano, o que torna a identificação da bactéria um um pouco difícil.
As manchas negativas não mancham as células bacterianas, que têm carga negativa, mas o fundo ao redor das células. Sob o microscópio, as células aparecem como contornos incolores contra um fundo escuro. Este método de coloração é usado para estudar amostras que não devem ser fixadas com álcool ou calor, de modo que a visualização de uma célula viva seja possível.
Algumas bactérias têm estruturas extracelulares chamadas cápsulas, que são facilmente destruídas por lavagem e aquecimento. Para identificar se as bactérias da amostra têm cápsulas, uma técnica suave usando coloração negativa é empregada.
