A maioria das colônias de bactérias cultivadas em placas de meio de cultura são tipicamente brancas, creme ou amarela na aparência e são relativamente circulares. Algumas colônias, entretanto, podem apresentar características incomuns. As colônias de fungos, como bolores ou o fungo que causa o pé de atleta, são geralmente grandes, difusas e adquirem uma cor diferente à medida que crescem para fora de seus centros.
As características específicas de uma colônia são conhecidas como morfologia da colônia, o que auxilia na identificação da espécie. Além das características básicas, algumas colônias podem ser identificadas por uma forma irregular, filamentosa ou rizóide.
Virar o prato de cultura de lado permite ao observador notar se a elevação da colônia, ou seção transversal, é elevada, convexa, plana, umbonato ou crateriforme. Um fator de identificação adicional é a opacidade; a colônia pode ser clara, translúcida, opaca ou iridescente.
