Os fungos são decompositores vitais no ecossistema, decompondo organismos mortos e resíduos biológicos, liberando nutrientes para uso por outros organismos e limpando seus restos. Os fungos também atuam em parceria com algumas plantas e algas, e muitas vezes são vitais para a sobrevivência desses organismos. Algumas espécies são parasitas.
Todos os fungos recebem energia e nutrição de seus ambientes e são incapazes de gerar alimentos para si próprios como as plantas. Os fungos crescem como massas de estruturas semelhantes a fios conhecidas como hifas. Estes têm uma área de superfície muito alta para seu volume e permitem que os fungos absorvam os nutrientes com facilidade. Eles geralmente são enterrados profundamente no solo e em organismos em decomposição, como madeira apodrecida. Os fungos parasitas têm hifas especializadas para penetrar em organismos vivos, geralmente plantas.
Fungos em relações mutualísticas com algas são chamados de líquenes. As associações entre as espécies de fungos e as espécies de algas são freqüentemente tão completas que cada tipo recebe um nome de espécie como um todo, apesar de conter dois organismos diferentes. Por causa dessa associação, os líquenes podem sobreviver onde nenhum outro organismo fotossintético consegue, e eles são uma fonte vital de alimento em alguns ambientes muito frios. Outros fungos crescem em associação com as raízes das plantas, onde fornecem nutrientes vitais em troca de açúcares e aminoácidos. Estima-se que 90 por cento das plantas vasculares têm espécies associadas de fungos em relações mutualísticas com eles.
