A principal diferença entre um ninja e um samurai é que um ninja é hábil em ninjutsu e um samurai pratica o bushido. Ninjutsu é a arte da furtividade e sabotagem desenvolvida para espionagem. Bushido é um código de honra e moral.
O folclore japonês sugere que os ninjas descendem de um demônio. Os estudiosos acreditam que o ninjutsu se desenvolveu por volta do século VI em oposição aos primeiros samurais feudais. Ninjutsu era uma mistura de táticas indo-chinesas e japonesas desenvolvidas por um samurai denunciado e um monge chinês. O Ninjutsu ignorou o código do bushido e valorizou a ação secreta.
Os primeiros guerreiros samurais apoiaram os ricos proprietários do Japão feudal. No século 12, os samurais estavam ganhando controle militar e político. Após a Guerra Gempei em 1185, o samurai estabeleceu o Xogunato Kamakura como uma ditadura militar. A ditadura durou até o século 19.
Os ninjas podem vir da classe alta como samurai desgraçado ou da classe baixa como filhos de fazendeiros ou aldeões. Os ninjas variam de ninja comum, ou genin, a intermediário, ou chunin, a homem importante ou jonin.
O declínio do samurai ocorreu após a introdução da cultura ocidental no Japão em meados do século XIX. A legislatura japonesa aboliu o feudalismo em 1871, mas o código do bushido era evidente na cultura japonesa durante a Segunda Guerra Mundial.
