As principais massas de água no Missouri incluem o Rio Missouri, o Rio Mississippi, o Lago dos Ozarks, o Rio Current, o Rio Chariton e o Lago Taneycomo. Outros corpos de água notáveis são o Lago Pomme de Terre e o Lago Table Rock.
O rio Mississippi é o maior rio dos Estados Unidos. Faz a fronteira do Missouri com Illinois, Kentucky, Tennessee e uma porção de Iowa. O rio facilitou o transporte e forneceu água e energia hidrelétrica para os residentes do Missouri por muitas décadas.
O rio Missouri é o segundo maior rio dos Estados Unidos. Ele cruza o estado na direção oeste-leste e se junta ao rio Mississippi em St. Louis. O Missouri, apelidado de "Big Muddy" por causa de suas águas turvas, tem sido uma passagem para exploradores e pioneiros por centenas de anos. Os ramos do Missouri incluem os rios Cheyenne, Osage, Platte, Milk e White. Deságua no Golfo do México através do Mississippi.
O Lago do Ozarks é um lago artificial criado pelo represamento do Rio Osage. O reservatório não só abriga a Barragem Bagnell, que fornece energia hidrelétrica, mas também é uma famosa área de lazer que atrai turismo.
