A nascente do Rio Missouri está localizada em Brower's Spring, na nascente do afluente conhecido como Rio Jefferson. Brower's Spring foi descoberta nas Montanhas Centenárias por Jacob V. Brower na década de 1890.
A nascente de um rio é definida como o ponto do rio que está mais afastado da sua extremidade. No entanto, quando Lewis e Clark alcançaram a área que agora é o Missouri Headwaters State Park, Lewis decidiu que nenhuma das três bifurcações era superior às outras e disse que a localização nas três bifurcações era a origem do Missouri. Portanto, determinar a origem do Missouri exigiu que a Lewis and Clark Trail Heritage Foundation determinasse qual dos três afluentes é o mais longo.
