Os efeitos colaterais comuns dos tratamentos orais para dirofilariose incluem diarreia, vômitos e falta de coordenação muscular. Os efeitos colaterais dos tratamentos tópicos para dirofilariose incluem perda de cabelo no local da aplicação, diarréia, vômitos, tremores, respiração ofegante e salivação. Os efeitos colaterais do tratamento injetável para dirofilariose incluem convulsão, choque, inchaço, irritação ou coceira na pele, diarréia e vômitos. É raro que os cães experimentem efeitos colaterais do tratamento contra dirofilariose.
Além de apresentarem efeitos colaterais do tratamento para dirofilariose, alguns cães também podem apresentar reações alérgicas aos ingredientes da medicação para dirofilariose. Um cão que apresenta uma reação alérgica pode apresentar sintomas como convulsões, choque, urticária, coceira e inchaço, principalmente na área facial. Cães com infestação severa de dirofilariose podem ser mais suscetíveis a reações adversas ao tratamento.
Algumas raças de cães são particularmente sensíveis aos ingredientes ativos na maioria dos tratamentos contra dirofilariose, ivermectina e milbemicina. Muitos collies, whippets, pastores australianos e cães pastores têm uma mutação genética que os torna incapazes de eliminar os medicamentos contra dirofilariose de seus cérebros. Essa anormalidade pode aumentar as chances de esses cães sofrerem de convulsões ou até morrerem como resultado de um tratamento contra dirofilariose.
Dirofilariose é uma doença grave considerada endêmica em muitas áreas. A maioria dos veterinários acredita que os benefícios do tratamento preventivo contra dirofilariose superam os riscos de efeitos colaterais.