As bactérias ajudam a manter a saúde dos ecossistemas, decompondo a matéria morta e transformando os nutrientes em formas utilizáveis. As bactérias vivem em todos os ambientes e fornecem a maior parte do oxigênio da Terra.
As bactérias são decompositores que decompõem os materiais orgânicos do solo. Por exemplo, as bactérias ajudam a decompor matéria morta, como árvores caídas, em nutrientes utilizáveis para organismos vivos dentro do ecossistema. O resultado da decomposição da matéria morta resulta em um solo mais rico, capaz de suportar diversos ecossistemas.
As bactérias fazem o ciclo dos nutrientes, incluindo nitrogênio e carbono, para transformá-los em formas utilizáveis. Por exemplo, as bactérias transformam o carbono em dióxido de carbono, necessário para a fotossíntese, processo que permite às plantas produzir energia a partir da luz. Sem bactérias, os produtores primários deixariam de sobreviver. A produção de oxigênio é um resultado direto da atividade bacteriana. Por exemplo, a cianobactéria, uma bactéria que está presente nos oceanos, produz uma quantidade significativa de oxigênio disponível na Terra.
As bactérias transformam o nitrogênio em nitratos ou nitritos, que são formas de nitrogênio que as plantas podem usar para crescer. Algumas plantas, como o feijão, armazenam bactérias produtoras de nitrogênio em seus sistemas radiculares para garantir o crescimento adequado. As bactérias também vivem dentro dos animais e são usadas por esses animais para decompor os alimentos em nutrientes utilizáveis. Por exemplo, vacas e girafas usam bactérias no estômago para quebrar a matéria vegetal para que o alimento seja mais facilmente digerido, permitindo que os animais comam alimentos de baixa qualidade para sobreviver.