Os dois reinos das bactérias são Archaebacteria e Eubacteria. Os dois reinos foram anteriormente classificados em um reino, Monera, mas os dois tipos de bactérias mostraram variação suficiente para justificar a reclassificação em dois reinos separados.
Embora Archaebacteria e Eubacteria sejam procariontes, o que significa que não têm estruturas ligadas à membrana chamadas organelas, os dois reinos têm tantas diferenças entre eles que cada um pertence a um domínio separado. Os outros quatro reinos, protistas, fungos, plantas e animais, pertencem a um único domínio.
As Archaebacteria compreendem organismos que vivem em ambientes hostis, como fontes termais, água salgada e aberturas marinhas profundas. As eubactérias incluem as bactérias mais familiares aos humanos. As cianobactérias, ou algas verde-azuladas, pertencem às Eubactérias. Outras eubactérias causam doenças humanas, como faringite estreptocócica e botulismo.
